สำลีเช็ดโพรงจมูก มีข้อดีบางประการเหนือสำลีเช็ดคอหอย:

1. การใช้สำลีเช็ดโพรงจมูกและคอหอยสามารถเก็บในคอหอยได้นานเพื่อเก็บตัวอย่างได้มากขึ้น ซึ่งเป็นเหตุว่าทำไมอัตราการให้ผลบวกจากสำลีเช็ดโพรงจมูกและคอหอยจึงสูงกว่าสำลีเช็ดช่องคอหอย
2. ความเสี่ยงจากการสัมผัสเชื้อจากการเก็บตัวอย่างจากโพรงจมูกและคอหอยนั้นต่ำกว่าการเก็บตัวอย่างจากโพรงคอหอย เนื่องจากเราสามารถยืนอยู่ด้านหลังผู้ป่วยขณะเก็บตัวอย่าง และให้ผู้ป่วยดึงหน้ากากลงเพื่อให้เห็นเฉพาะรูจมูกและปิดปาก และไม่จำเป็นต้องมองตรงไปที่ช่องปากของผู้ป่วย และแทบจะไม่มีปฏิกิริยาตอบสนองของคอหอยจากการเก็บตัวอย่างจากโพรงจมูกและคอหอย ผู้ป่วยบางรายอาจมีอาการจามหลังจากเก็บตัวอย่าง และผู้ป่วยสามารถปิดด้วยข้อศอกหรือกระดาษเช็ดมือได้ และเนื่องจากการเก็บตัวอย่างไม่ได้อยู่ตรงหน้าผู้ป่วยโดยตรง ความเสี่ยงจากการสัมผัสเชื้อจากการเก็บตัวอย่างจากโพรงจมูกและคอหอยนั้นค่อนข้างต่ำ ทำให้แรงกดดันทางจิตใจจากการเก็บตัวอย่างลดลง

ข้อเสียของการเก็บตัวอย่างจากโพรงจมูกและคอหอย คือ ผู้ป่วยที่เก็บตัวอย่างจากช่องปากและคอหอยจะมีความกลัวทางจิตใจมากกว่า และผู้เก็บตัวอย่างจะต้องผ่านการฝึกอบรมทางวิชาชีพมากกว่า

ไม่ว่าจะเป็นการเก็บตัวอย่างจากโพรงจมูกหรือโพรงคอหอย ความลึกของการเก็บรวบรวมและระยะเวลาการสัมผัสกับเยื่อเมือกเป็นจุดสำคัญ หากไม่เก็บตัวอย่างจากโพรงจมูกและคอหอยลึก ผู้ป่วยจะมีอาการอาเจียนอย่างรุนแรงเมื่อเก็บตัวอย่างจากโพรงจมูกและคอหอย ซึ่งทำให้เวลาในการเก็บตัวอย่างไม่เพียงพอ ในเวลานี้ เซลล์ส่วนใหญ่ที่เก็บตัวอย่างได้เป็นเซลล์ที่ปราศจากไวรัส ซึ่งอาจทำให้เกิดผล "ลบเทียม" นี่อาจเป็นสาเหตุประการหนึ่งที่ทำให้ผู้ป่วยที่ผลการทดสอบกรดนิวคลีอิกเป็นลบกลับกลายเป็นผลบวกอีกครั้งเมื่อต้องตรวจซ้ำ ในการศึกษาวิจัยในจีน ได้มีการเปรียบเทียบวิธี NPA และ OPS ทบทวนเอกสารการสุ่มตัวอย่างทางเดินหายใจของ SARS, MERS และ H1N1 และสรุปได้ว่าในบรรดาวิธีการสุ่มตัวอย่างทางเดินหายใจส่วนบนทั้งหมด การใช้สำลีจากโพรงจมูกและสำลีจากโพรงจมูกและคอหอย (NS+OPS) เป็นอันตรายต่อบุคลากรทางการแพทย์น้อยที่สุด